pdb文件(C分数维度怎么计算)
资讯
2024-03-02
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1. pdb文件,C分数维度怎么计算?
C分数的计算步骤如下:
1. 对于实验测定的结构,需要用PDB格式保存,并从PDB文件中提取出每个原子的坐标。
2. 对于模型结构,也需要用PDB格式保存,并从PDB文件中提取出每个原子的坐标。
3. 对齐实验测定的结构和模型结构。这通常是通过使用结构比对软件(如TM-score或RMSD)来实现的。
4. 计算C分数。C分数的计算公式为:
C-score = (1/(1+RMSD)) + (TM-score-0.5)
其中,RMSD是均方根偏差,TM-score是结构比对时的TM分数。
C分数的取值范围为0到1,C分数越高表示模型与实验结构之间的相似性越高,蛋白质结构的质量越好。
上述是C分数的简单计算步骤。实际在计算C分数时,还需要考虑其他因素,如模型的大小和误差情况等。
2. pda格式的文件如何转换成pdb格式的文件?
很简单,把后缀名改了就行了。如sdjksakk.pda改成sdjksakk.pdb
3. 对接方法?
MOE分子对接教程
1.在MOE窗口open打开一个有小配体的蛋白(PDB或moe文件)点击Compute→prepare→Protonate3D(使质子化)点击OK。打开SEQ面板删去水分子和与小配体无关的其他杂配体或离子在MOE窗口右边点击SiteView点击System,改变配体颜色使得小配体显示绿色C骨架在MOE窗口点击Surface→recepter在MOE。
接下来对接一个小配体点击Compute→dock在Recepter选项选择Recepter+Solvent其它选择默认值。点击Run。在表单你会看到有不同的构象对接结果,包括RMSD值。
2.创建一个药效团模型在MOE窗点Compute→Pharmacophore→QueryEditor点击R,这样会创建基于受体的药效团特征。点击口袋中显示的小球,然后点击feature,这样在对接口袋就会显示药效团。
3.化合物数据库的对接关闭PharmacophoreQueryEditor面板在MOE窗口点Compute→DockOutput选项选择一个对接结果数据库名字,这里命名moe_dock2Receptor选项为Recepter+SolventLigand选项为MDBFile,选择要对接的pde5inhibitors.mdb(这里说明一下,mdb格式是MOE独有的,用的不多,但是可以将常用的sdf和mol2格式转化为mdb格式,方法为将sdf或mol2文件用MOE打开成表单。
4. c语言运行后自动退出怎么办?
1、其实我们添加几行代码就可以解决这个问题,我们以一个简单的输出为例,这里我是点了 本地调试,结果不仅秒退了还显示一大堆--无法查找或打开 PDB 文件。这个不用管它
2、接下来我们让程序暂停吧,这样就可以看到结果了
3
让程序暂停常用的三种方法,各有各的好处,咱们一一了解是哪三种呢?
具体看图
5. 如何用pdb的格式的文件生成psf的格式的文件?
1,首先从网上下载Adobe Acrobat XI Pro软件并安装到我们的电脑上,下载的话我们可以到Adobe官方网站上去下载
2,准备好要转换成txt的pdf文档,用Adobe Acrobat XI Pro打开该文档,
3,然后我们点击依次点击:文件——另存为其他——更多选项——纯文本,
4,当点击击完“纯文本”这个选项后就会弹出一个pdf转换成txt后文件的保存位置的对话框,这时我们只需选择好pdf转换成txt后的文件保存位置 就可以点击“保存”了
5,当点击“保存”后,pdf转换成txt就开始转换了,这时候在界面左下角就会出现一个“Save as XML 正在检查元素”的黑色框框,等这个框框消失后,说明pdf转换成txt完毕。
6. 常见的电子书格式有哪些有什么阅读软件兼容的格式最多?
1.TXT 我个人觉得这个格式是电子书的最好的格式,不管你使用什么样看电子书的硬件,拥有这个格式的电子书都是最容易转换的,我转换的终极目标就是想把各种电子书转换成为TXT的文本文件。当然,很多人也许喜欢网页那样可以有一个目录的格式,看个人习惯了。
2.HTML 这个格式是在网上看得最多的格式,超链接的模式让每本书分章分节看起来很舒服,要看第几章到目录去点点就可以了,在PPC上面可以直接用IE打开,我猜测 PPC用户应该不会讨厌这种格式。可是在PALM的用户面前,这么多年都没有完美支持这种格式的软件,PALM用户只能使用各种不同的路子来将他进行转换,或者和我一样直接把它转换成为TXT。最近我试用Webpro的时候发现这个软件可以打开HTML文件,其中的图形连接什么都还可以用,但是对于 PALM来说太过巨大的这个软件加上他速度的超慢,我最后还是把它删掉了。
3.EXE 也算是常见的电子书格式,一般是作为版权的需要将电子书做成这种不方便编辑的格式,不过在很多电子书的网站,你只能找得到这种格式。这种电子书在PC上面可以直接阅读,在手持设备上就无能为力了。(我好像听说PPC上面有软件可以直接阅读EXE和CHM,希望清楚的高手给予说明)
4.CHM HTML帮助文件格式,似乎是偶然的某一天有人发现这种格式很适合拿来做电子书,但它和EXE文件一样讨厌,同样不方便进行编辑,因此在很多电子书网站也可以看到这种格式。这种格式在PC上面也是可以直接阅读的。
5.PDF ADOBE公司的ADOBE ACROBAT READER使用的专门的格式,因为安全性强,内容不能被编辑,而且大多数格式转换到PDF都很方便,所以成为网络上官方发布文档的最喜欢的格式,见得比较多的是一些说明书,有一段时间网络上面很多电脑学习类书籍都是使用PDF文件格式的。这种格式图文混排效果很好,在阅览器里面阅读就如同看一本书,可是想要完美转换图文到其他格式都相当困难,一直都没有见到比较好的工具。其格式英文书籍的在PALM上面可以用专门软件转换后阅读,目前还不支持中文书籍。 PDF文档最大的缺点就是文件很大,一本书在TXT格式下面可能只要几百K,成为这种格式,随便就上兆了。
6.DOC Microsoft WORD的专有格式,当然是要用WORD打开了,相兼容的什么WPS,OPEN OFFICE应该也能打开,只不过排版或者字体上可能会有些出入。DOC可以很容易转换成HTML和TXT,顶多就是丢失一些格式的信息,也算是比较开放的了。
7.PDB/PRC 这两个就是PDA专用的格式了,主要是PALM先使用的,后来PPC通过相关软件也支持了这种格式的电子书。
8.CLF 这个格式问得不多,但是还是有人问,就在这里简单说说。这个是LISTPRO这个软件的专有格式,由于在PALM,PPC和PC上面都有这个软件,因此只要大家在自己机器上安装这个软件就可以阅读了。至于这个格式的转换,应该是能够做到的,但我不熟悉,之后完善。
7. 掌阅电纸书到底支持哪些格式?
掌阅电纸书支持多种格式,包括EPUB、PDF、TXT、MOBI、DOC、DOCX、HTML、PDB等。
EPUB是一种常见的电子书格式,适用于大多数电子书商店购买的图书。
PDF是一种通用的文档格式,可以保留原始文档的格式和布局。
TXT是一种纯文本格式,适用于简单的文本文件。MOBI是亚马逊Kindle电子书格式。DOC和DOCX是微软Office的文档格式。
HTML是网页的标记语言,可以在电子书中显示网页内容。
PDB是一种特定的电子书格式,常用于Palm设备。
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1. pdb文件,C分数维度怎么计算?
C分数的计算步骤如下:
1. 对于实验测定的结构,需要用PDB格式保存,并从PDB文件中提取出每个原子的坐标。
2. 对于模型结构,也需要用PDB格式保存,并从PDB文件中提取出每个原子的坐标。
3. 对齐实验测定的结构和模型结构。这通常是通过使用结构比对软件(如TM-score或RMSD)来实现的。
4. 计算C分数。C分数的计算公式为:
C-score = (1/(1+RMSD)) + (TM-score-0.5)
其中,RMSD是均方根偏差,TM-score是结构比对时的TM分数。
C分数的取值范围为0到1,C分数越高表示模型与实验结构之间的相似性越高,蛋白质结构的质量越好。
上述是C分数的简单计算步骤。实际在计算C分数时,还需要考虑其他因素,如模型的大小和误差情况等。
2. pda格式的文件如何转换成pdb格式的文件?
很简单,把后缀名改了就行了。如sdjksakk.pda改成sdjksakk.pdb
3. 对接方法?
MOE分子对接教程
1.在MOE窗口open打开一个有小配体的蛋白(PDB或moe文件)点击Compute→prepare→Protonate3D(使质子化)点击OK。打开SEQ面板删去水分子和与小配体无关的其他杂配体或离子在MOE窗口右边点击SiteView点击System,改变配体颜色使得小配体显示绿色C骨架在MOE窗口点击Surface→recepter在MOE。
接下来对接一个小配体点击Compute→dock在Recepter选项选择Recepter+Solvent其它选择默认值。点击Run。在表单你会看到有不同的构象对接结果,包括RMSD值。
2.创建一个药效团模型在MOE窗点Compute→Pharmacophore→QueryEditor点击R,这样会创建基于受体的药效团特征。点击口袋中显示的小球,然后点击feature,这样在对接口袋就会显示药效团。
3.化合物数据库的对接关闭PharmacophoreQueryEditor面板在MOE窗口点Compute→DockOutput选项选择一个对接结果数据库名字,这里命名moe_dock2Receptor选项为Recepter+SolventLigand选项为MDBFile,选择要对接的pde5inhibitors.mdb(这里说明一下,mdb格式是MOE独有的,用的不多,但是可以将常用的sdf和mol2格式转化为mdb格式,方法为将sdf或mol2文件用MOE打开成表单。
4. c语言运行后自动退出怎么办?
1、其实我们添加几行代码就可以解决这个问题,我们以一个简单的输出为例,这里我是点了 本地调试,结果不仅秒退了还显示一大堆--无法查找或打开 PDB 文件。这个不用管它
2、接下来我们让程序暂停吧,这样就可以看到结果了
3
让程序暂停常用的三种方法,各有各的好处,咱们一一了解是哪三种呢?
具体看图
5. 如何用pdb的格式的文件生成psf的格式的文件?
1,首先从网上下载Adobe Acrobat XI Pro软件并安装到我们的电脑上,下载的话我们可以到Adobe官方网站上去下载
2,准备好要转换成txt的pdf文档,用Adobe Acrobat XI Pro打开该文档,
3,然后我们点击依次点击:文件——另存为其他——更多选项——纯文本,
4,当点击击完“纯文本”这个选项后就会弹出一个pdf转换成txt后文件的保存位置的对话框,这时我们只需选择好pdf转换成txt后的文件保存位置 就可以点击“保存”了
5,当点击“保存”后,pdf转换成txt就开始转换了,这时候在界面左下角就会出现一个“Save as XML 正在检查元素”的黑色框框,等这个框框消失后,说明pdf转换成txt完毕。
6. 常见的电子书格式有哪些有什么阅读软件兼容的格式最多?
1.TXT 我个人觉得这个格式是电子书的最好的格式,不管你使用什么样看电子书的硬件,拥有这个格式的电子书都是最容易转换的,我转换的终极目标就是想把各种电子书转换成为TXT的文本文件。当然,很多人也许喜欢网页那样可以有一个目录的格式,看个人习惯了。
2.HTML 这个格式是在网上看得最多的格式,超链接的模式让每本书分章分节看起来很舒服,要看第几章到目录去点点就可以了,在PPC上面可以直接用IE打开,我猜测 PPC用户应该不会讨厌这种格式。可是在PALM的用户面前,这么多年都没有完美支持这种格式的软件,PALM用户只能使用各种不同的路子来将他进行转换,或者和我一样直接把它转换成为TXT。最近我试用Webpro的时候发现这个软件可以打开HTML文件,其中的图形连接什么都还可以用,但是对于 PALM来说太过巨大的这个软件加上他速度的超慢,我最后还是把它删掉了。
3.EXE 也算是常见的电子书格式,一般是作为版权的需要将电子书做成这种不方便编辑的格式,不过在很多电子书的网站,你只能找得到这种格式。这种电子书在PC上面可以直接阅读,在手持设备上就无能为力了。(我好像听说PPC上面有软件可以直接阅读EXE和CHM,希望清楚的高手给予说明)
4.CHM HTML帮助文件格式,似乎是偶然的某一天有人发现这种格式很适合拿来做电子书,但它和EXE文件一样讨厌,同样不方便进行编辑,因此在很多电子书网站也可以看到这种格式。这种格式在PC上面也是可以直接阅读的。
5.PDF ADOBE公司的ADOBE ACROBAT READER使用的专门的格式,因为安全性强,内容不能被编辑,而且大多数格式转换到PDF都很方便,所以成为网络上官方发布文档的最喜欢的格式,见得比较多的是一些说明书,有一段时间网络上面很多电脑学习类书籍都是使用PDF文件格式的。这种格式图文混排效果很好,在阅览器里面阅读就如同看一本书,可是想要完美转换图文到其他格式都相当困难,一直都没有见到比较好的工具。其格式英文书籍的在PALM上面可以用专门软件转换后阅读,目前还不支持中文书籍。 PDF文档最大的缺点就是文件很大,一本书在TXT格式下面可能只要几百K,成为这种格式,随便就上兆了。
6.DOC Microsoft WORD的专有格式,当然是要用WORD打开了,相兼容的什么WPS,OPEN OFFICE应该也能打开,只不过排版或者字体上可能会有些出入。DOC可以很容易转换成HTML和TXT,顶多就是丢失一些格式的信息,也算是比较开放的了。
7.PDB/PRC 这两个就是PDA专用的格式了,主要是PALM先使用的,后来PPC通过相关软件也支持了这种格式的电子书。
8.CLF 这个格式问得不多,但是还是有人问,就在这里简单说说。这个是LISTPRO这个软件的专有格式,由于在PALM,PPC和PC上面都有这个软件,因此只要大家在自己机器上安装这个软件就可以阅读了。至于这个格式的转换,应该是能够做到的,但我不熟悉,之后完善。
7. 掌阅电纸书到底支持哪些格式?
掌阅电纸书支持多种格式,包括EPUB、PDF、TXT、MOBI、DOC、DOCX、HTML、PDB等。
EPUB是一种常见的电子书格式,适用于大多数电子书商店购买的图书。
PDF是一种通用的文档格式,可以保留原始文档的格式和布局。
TXT是一种纯文本格式,适用于简单的文本文件。MOBI是亚马逊Kindle电子书格式。DOC和DOCX是微软Office的文档格式。
HTML是网页的标记语言,可以在电子书中显示网页内容。
PDB是一种特定的电子书格式,常用于Palm设备。
本站涵盖的内容、图片、视频等数据系网络收集,部分未能与原作者取得联系。若涉及版权问题,请联系我们删除!联系邮箱:ynstorm@foxmail.com 谢谢支持!